Der totalitäre Herrschaftsanspruch des NS-Regimes schloss auch die Kirchen ein. Während Hitler 1933 versprach, die Rechte und Integrität der christlichen Kirchen zu wahren, zielte er tatsächlich auf deren ideologische Gleichschaltung und letztlich auf ihre Abschaffung hin. Dabei war er sich jedoch bewusst, dass ein zu aggressives Vorgehen den Widerstand der Kirchen und der Bevölkerung verursachen könnte. Somit entwickelte das NS-Regime bis zum Ende keine einheitliche oder definitive Kirchenpolitik. Schon 1932 hatte sich die sogenannte „Glaubensbewegung Deutsche Christen“ als eine protestantische Splittergruppe etabliert, die sich nach dem Führerprinzip organisierte und Kirchen- und Rassendoktrin zu verschmelzen versuchte. Die Schaffung einer neuen Deutschen Evangelischen Kirche (DEK oder auch „Reichskirche“) am 23. Juli 1933 unter dem neuen Reichsbischof Ludwig Müller (1883-1945), in der die Deutschen Christen eine Mehrheit ausmachten, markierte einen ersten Schritt in Richtung absoluter staatlicher Kontrolle über die evangelische Kirche. Als jedoch die neue Kirchenleitung die Einführung des Arierparagraphen für Kirchenämter und die Abschaffung des Alten Testaments befürwortete, protestierte Pfarrer Martin Niemöller (1892-1984) durch die Gründung des Pfarrernotbundes. Die daraus hervorgehende sogenannte Bekennende Kirche verabschiedete auf der 2. Bekenntnissynode im Oktober 1934 in Berlin-Dahlem das folgende „kirchliche Notrecht“, das die Kompetenz und Legitimität der DEK und der Deutschen Christen bestritt und sich selbst zur einzig rechtmäßigen evangelischen Kirche erklärte. Die Bekennende Kirche blieb jedoch eine innerlich geteilte Minderheitsorganisation, deren institutionelle Basis durch Massenverhaftungen nach 1936 weitgehend zerschlagen wurde. Obwohl eine gänzliche Gleichschaltung der evangelischen Kirchen nicht erreicht wurde und zahlreiche Kirchenvertreter sich dem NS-Regime entgegen stellten, hatte sich die evangelische Kirche weitgehend der NS-Macht ergeben.