1883 verkaufte Joseph Frederick, einer der Stammesältesten des Nama Rinderzüchter-Stammes, das Kernstück dessen, was schließlich Deutsch-Südwestafrika werden sollte, die Angra Pequena Bucht, an den Bremer Kaufmann und Abenteurer Adolf Lüderitz (1834-1886). Ein Jahr später erklärte die deutsche Reichsregierung die „Lüderitz Bucht“ (wie sie nun genannt wurde) sowie deren direkte Umgebung zum „Schutzgebiet“. Weitere Landerwerbsverträge wurden zwischen 1884 und 1890 geschlossen und führten zum schnellen Wachstum des Schutzgebietes Deutsch-Südwestafrika. Diese Expansion wurde von wachsenden Spannungen zwischen deutschen Siedlern und den heimischen Herero begleitet, bei denen es hauptsächlich um die Verfügbarkeit von Land und Wasser ging – Spannungen, die zusätzlich durch die rechtliche Diskriminierung der Herero seitens der deutschen Reichsregierung verschlimmert wurden. 1904 lehnte sich der Stamm der Herero auf, griff deutsche Farmen an und tötete ungefähr 150 deutsche Siedler. Als 766 deutsche Schutztruppen nicht in der Lage waren, die Revolte niederzuschlagen, wurden 14.000 zusätzliche Truppen unter dem Kommando des Generalleutnants Lothar von Trotha (1848-1920) entsandt. Trotha besiegte die Herero und Nama (die sich den Herero angeschlossen hatten) in der Schlacht bei Waterberg am 11. August 1904. Daraufhin gab er ihnen ein Ultimatum: wenn sie das Territorium nich verließen, würden sie getötet werden. Als viele Herero sich daraufhin in ein Gebiet in der Wüste Kalahari zurückzogen, sorgte Trotha dafür, dass sie von jeglicher Nahrungs- und Wasserversorgung abgeschnitten waren, was zum Massensterben der Herero durch Verhungern und Verdursten führte. Dieses Foto aus der Frühphase des Hererokrieges, auf dem gefangen genommene Hereros mit einem Soldaten der deutschen Schutztruppe zu sehen sind, verdeutlicht nicht nur das Ungleichgewicht der beiden Kriegsparteien, sondern auch den extremen Charakter des deutschen militärischen Vorgehens.
Die Brutalität Trothas löste Entsetzen im Deutschen Reich und darüber hinaus aus. Der Aufstand endete schließlich 1907/1908. Grobe Schätzungen der Anzahl der getöteten Herero und Nama belaufen sich jeweils auf 65.000 (80 Prozent der Herero Bevölkerung) und 10.000 (50 Prozent der Nama Bevölkerung). Die deutsche Ministerin für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung Heidemarie Wieczorek-Zeul reiste 2004 nach Namibia und sprach im Namen der deutschen Bevölkerung eine formelle Entschuldigung aus.